على الرغم من الفوائد الصحية العديدة التي تجعل القهوة مشروبًا عالميًا لا غنى عنه في روتين الملايين اليومي إلا أن هناك تحذيرات طبية موجهة لفئات معينة من الأفراد فالمكونات النشطة في القهوة وعلى رأسها الكافيين قد تتحول إلى عامل خطر يؤثر سلبًا على صحتهم ويتطلب منهم تجنبها أو استهلاكها بحذر شديد.
يمتد تأثير القهوة ليشمل الصحة النفسية والعصبية فالذين يعانون من اضطرابات القلق قد يلاحظون أن الكافيين يعزز لديهم الشعور بالتوتر والقلق. أما بالنسبة لمرضى الاضطراب ثنائي القطب فإن الكافيين قد يؤدي إلى تفاقم أعراض الهوس لديهم. ويجب على مرضى الصرع التعامل مع القهوة بحذر شديد فالجرعات العالية من الكافيين ممنوعة تمامًا لهم بينما يمكن تناول كميات قليلة جدًا بعد استشارة طبية.
كما توجد تحذيرات تتعلق بصحة العظام والعيون فشرب القهوة المحتوية على الكافيين قد يزيد من كمية الكالسيوم التي يفقدها الجسم عبر البول وهو ما قد يساهم في إضعاف العظام بمرور الوقت. ويُنصح المصابون بهشاشة العظام بألا يتجاوز استهلاكهم ثلاثة أكواب يوميًا بينما الأشخاص الأصحاء الذين يحصلون على كميات كافية من الكالسيوم قد لا يتأثرون سلبًا بشرب حوالي أربعة أكواب يوميًا. وفيما يخص مرضى الجلوكوما فإن شرب القهوة يرفع الضغط داخل العين بشكل مؤقت حيث تبدأ هذه الزيادة خلال نصف ساعة وتستمر لتسعين دقيقة على الأقل مما يستدعي الحذر الشديد.
تتأثر صحة الجهاز الهضمي والمسالك البولية لدى البعض باستهلاك القهوة فالأشخاص الذين يعانون من متلازمة القولون العصبي قد يجدون أن الكافيين يزيد من حدة الأعراض لديهم خاصة الإسهال. وبشكل عام يمكن لتناول كميات كبيرة من القهوة أن يؤدي إلى تفاقم حالات الإسهال لدى أي شخص. وعلى صعيد آخر يؤثر الكافيين على المثانة حيث يزيد من تكرار التبول والشعور بالحاجة الملحة لذلك مما قد يفاقم من مشاكل التحكم في المثانة.
ينصح مرضى القلب بتوخي الحذر خصوصًا إذا كانوا من المدخنين إذ يرتفع لديهم خطر الوفاة بسبب أمراض القلب أو السرطان عند الجمع بين التدخين واستهلاك القهوة يوميًا. وبالنسبة لمن يعانون من ارتفاع ضغط الدم فإن تناول القهوة المحتوية على الكافيين قد يسبب زيادة مؤقتة في مستويات ضغط الدم لديهم على الرغم من أن هذا التأثير قد لا يكون ملحوظًا لدى المعتادين على شربها بانتظام.
مرضى السكري مدعوون أيضًا للحذر لأن الكافيين قد يؤثر على مستويات السكر في الدم مما يتطلب منهم مراقبة استجابة أجسامهم لهذا المشروب. كما أن هناك مخاوف من أن الكافيين قد يبطئ من عملية تخثر الدم الأمر الذي قد يزيد من تفاقم اضطرابات النزيف لدى الأشخاص المصابين بها.
